传统的菌落计数器费事、测量结果不准确，全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。
正确使用方法：
1、将电源插头插入220v电源插座内，将探笔插入全自动菌落计数器上的探笔插孔内。
2、打开电源开关，灯源开关，计数池内灯亮，显现窗内显现数字，表示允许进行计数。
3、将待检的培育皿放在计数池内，用探笔对所有的菌落逐一点数，显现窗内数字自动累加。
4、用放大镜仔细检查，承认点数无遗漏，计数完毕。
5、显现窗内的数字为该培育皿内的菌落数。
6、记载数字后取出培育皿。按归零键，显示恢复，为另一培育皿的计数做好准备。
现在随着科技的进步，菌落计数技术日趋完善。主要体现在配置越来越高，功能越来越全。计数的速度越来越快，准确性也越来越精准。